Từ khoảng năm 625, các tu sĩ Công giáo người Ireland đã tới quần đảo này. Họ mang theo cừu đến nuôi trên các cánh đồng cỏ và họ sống như các người ẩn cư. Có lẽ cũng chính họ đã đặt tên cho quần đảo.

Dường như các tu sĩ này đã dời tới Iceland trước khi các người Viking Na Uy từ quần đảo Orkney, Quần đảo Shetland và Scotland tới định cư vào khoảng cuối thế kỷ thứ 9. Từ năm 1035 tới 1814, trên danh nghĩa Quần đảo Faroe là thuộc địa của Vương quốc Na Uy. Trên thực tế thì từ sau khi ký kết Liên minh Kalmar (năm 1397) thì Đan Mạch đã dần dần thay thế Na Uy, nắm quyền kiểm soát quần đảo này.

Theo Hòa ước Kiel ký ngày 14 tháng 1 năm 1814, Đan Mạch phải nhường quyền cai trị Na Uy cho Vương quốc Thụy Điển, nhưng vẫn giữ các thuộc địa Iceland, đảo Greenland và Quần đảo Faroe, mặc dù vua Carl XVI Gustaf của Thụy Điển phản đối.

Năm 1816, chính phủ Đan Mạch bãi bỏ nghị viện (Løgting) và chức Lagmand (thủ tướng) của quần đảo này, đồng thời sáp nhập Faroe thành một amt (tương đương tỉnh hạt) của Đan Mạch.

Sau cuộc họp toàn dân nhằm thức tỉnh tình tự dân tộc vào chiều ngày lễ Giáng sinh năm 1888, người Faroe đã muốn đòi độc lập. Tới năm 1906, họ thành lập đảng Sjálvstýrisflokkurin (Đảng Độc lập) để làm đối trọng với đảng thân Đan Mạch Sambandsflokkurin (Đảng Hợp tác) là đảng muốn duy trì tình trạng đất nước hiện hành. Điểm xung khắc giữa hai đảng là việc dùng tiếng Faroe để dạy học trong các trường. Theo yêu cầu của đảng Sambandsflokkurin, chính phủ Đan Mạch đưa ra điều luật số 7 năm 1912, quyết định tiếng Đan Mạch được dùng để dạy học. Điều luật này mãi tới năm 1938 mới bị bãi bỏ.

Trong thời Chiến tranh thế giới thứ hai, Faroe bị nước Anh chiếm đóng, trong khi Đan Mạch bị nước Đức quốc xã chiếm.

Sau chiến tranh, người Faroe không muốn tiếp tục là một amt của Đan Mạch và đã cử một phái đoàn tới Đan Mạch đàm phán. Hai bên không nhất trí được với nhau nên đồng ý tổ chức một cuộc trưng cầu ý dân vào năm 1946. Kết quả là đa số đồng ý độc lập, nhưng vua Đan Mạch đã dùng quyền phủ quyết để bác bỏ.

Sau nhiều cuộc thương lượng mới, tới năm 1948 Quốc hội Đan Mạch đã biểu quyết Luật tự trị cho Quần đảo Faroe. Từ năm này, Faroe từng bước được tự trị, ngoại trừ 2 lãnh vực quốc phòng và đối ngoại. Tới ngày 29 tháng 3 năm 2005, với tuyên bố chung tại Fámjin (Faroe) thì Faroe sẽ được tăng quyền về quốc phòng và đối ngoại.